Structure de décision
Amanda Peterson a l'autorité sur l'ensemble des services du S.O.S. Elle répond de l'activité du Service au secrétaire d'Etat à la Défense et particulièrement à son adjoint chargé des opérations secrètes, Andrew Stephens. C'est du secrétariat à la Défense lui-même que le S.O.S. reçoit ses missions.
En l'absence de Peterson, c'est au lieutenant Daugelis qu'échoit le commandement du S.O.S.
Sur le terrain d'opération, le commandement revient au lieutenant Daugelis et à son second. Ils doivent atteindre les objectifs définis préalablement pour la mission en cours.
Les missions sont discutées, préparées et planifiées par le Conseil Opérationnel, structure informelle qui regroupe le chef de service, Peterson, le chef des opérations, Daugelis, le chef des transmissions et communications, Mills, et le chef du service technique et maintenance, Moore.
Ponctuellement, le chef de service peut réunir l'ensemble des chefs de service au sein du Bureau Général afin de les informer des objectifs donnés au Service par le gouvernement.
Nature du Service des Opérations Spéciales
Le S.O.S. est une organisation au sein de l'administration de la Défense. Il regroupe des personnels civils et militaires.
Les civils sont sous contrat exclusif avec l'armée américaine et sont astreints aux mêmes devoirs que les militaires. Un certain nombre d'entre eux sont issus des rangs de la police et notamment du FBI.
Si le S.O.S. n'a aucune autonomie de décision dans le choix des missions par rapport au secrétariat à la Défense, il a, en revanche, été conçu pour avoir une autonomie opérationnelle. Autrement dit, son mode d'organisation doit lui permettre de mener à bien les missions qui lui ont été confiées sans recourir à l'aide d'autres services. La raison en est simple: l'existence du S.O.S. est tenue secrète à l'intérieur même de l'armée américaine. Seuls le secrétaire d'Etat à la défense, son adjoint Andrew Stephens et le président des Etats-Unis sont censés connaître son existence.